НДС, уплаченный поставщику по не облагаемым НДС операциям, можно принять к вычету. Письмо ФНС России от 16 февраля 2015 г. № ГД-4-3/2366@ «О налоге на добавленную стоимость».

С 1 января 2014 года при совершении операций, не облагаемых НДС согласно статье 149 Налогового кодекса, фирмы и предприниматели не обязаны выставлять счета-фактуры покупателям (п. 3 ст. 169 НК РФ). В то же время действующее законодательство не запрещает налогоплательщикам, применяющим льготу по статье 149 кодекса, по-прежнему оформлять счета-фактуры и регистрировать их в книге продаж. В этом случае на счете-фактуре делается соответствующая надпись или ставится штамп «Без налога (НДС)».
Но если неплательщик НДС случайно или намеренно выставит покупателю счет-фактуру с выделенной суммой налога, ему придется заплатить в бюджет весь НДС, указанный в этом документе (пп. 2 п. 5 ст. 173 НК РФ).

По мнению ФНС России, выраженному в комментируемом письме, НДС, который продавец предъявляет покупателю, реализуя ему освобожденные от налогообложения услуги, покупатель вправе принять к вычету в общем порядке. Оплачивая счета-фактуры с выделенным НДС, покупатель вправе отразить эти суммы в декларации в качестве налоговых вычетов.

Правда, такой вывод ФНС касается услуг по обслуживанию воздушных судов, оказанных в аэропортах и воздушном пространстве РФ.
Напомним, что обслуживание воздушных судов (в том числе аэронавигационное), производимое непосредственно в российских аэропортах и воздушном пространстве, освобождено от уплаты НДС (пп. 22 п. 2 ст. 149 НК РФ). Причем отказаться от этой льготы налогоплательщик не может (п. 5 ст. 149 НК РФ).

В обоснование своей позиции налоговики ссылаются на постановление Конституционного суда РФ от 3 июня 2014 г. № 17-П и постановление Президиума ВАС РФ от 30 января 2007 г. № 10627/06. Они указывают, что в пункте 5 статьи 173 Налогового кодекса установлены правила, которые предусматривают в отношении продавцов, получающих с покупателей или заказчиков суммы НДС в нарушение положений главы 21 Налогового кодекса, следующие налоговые последствия. Неплательщики НДС, равно как налогоплательщики, освобожденные от уплаты этого налога, исчисляют и уплачивают в бюджет НДС, если выставляют покупателям счета-фактуры с выделением суммы налога. Покупатели-налогоплательщики имеют полное право отразить такие суммы в декларациях в качестве налоговых вычетов.

Несмотря на то, что разъяснение ФНС о вычете НДС касается услуг по обслуживанию воздушных судов, которые оказаны в аэропортах и воздушном пространстве России, на наш взгляд, этот вывод можно распространить и на иные операции, освобожденные от НДС по правилам статьи 149 Налогового кодекса.

Тем не менее, Минфин России придерживается противоположной позиции (см. письмо от 18 ноября 2013 г. № 03-07-11/49526). Чиновники руководствуется, в частности, следующим. Счета-фактуры, которые выставлены по работам, освобожденным от налогообложения, но в них выделены суммы НДС, считаются составленными с нарушением действующего порядка. Следовательно, на основании таких документов вычет получить нельзя.