Компания может принять к вычету НДС на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет товаров (работ, услуг), за исключением основных средств, оборудования к установке и (или) нематериальных активов. Такой порядок учета не противоречит нормам Налогового кодекса РФ (письмо Минфина России от 09.04.2015 № 03-07-11/20293).

Cуммы НДС, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров, подлежат вычетам, после принятия на учет таких товаров (работ, услуг) и при наличии счетов-фактур, выставленных продавцами (п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ). Вычеты по НДС могут быть заявлены покупателем в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных товаров (работ, услуг) или товаров, ввезенных им на территорию Российской Федерации (п. 1.1 ст. 172 НК РФ). 
При этом налогоплательщик вправе применить вычеты сумм НДС, предъявленных продавцами при приобретении (уплаченных при ввозе на территорию Российской Федерации) основных средств, оборудования к установке и (или) нематериальных активов, указанных в пунктах 2 и 4 статьи 171 Налогового кодекса РФ, после их принятия на учет в полном объеме.