Покупателю при возвращении товаров, принятых на учет, следует выставить соответствующий счет-фактуру продавцу этих товаров. Такой счет-фактура, полученный продавцом товаров от покупателя, является документом, служащим основанием для принятия к вычету НДС.
Что касается возврата товаров, не принятых покупателем на учет, то в этих случаях выставление им счетов-фактур не предусмотрено Правилами, утвержденными постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137. При возврате части товаров, не принятых покупателем на учет, продавцу следует выставлять корректировочные счета-фактуры на стоимость этих товаров. Если стоимость отгруженных товаров изменилась в сторону уменьшения, то основанием для принятия к вычету НДС у продавца является выставленный им корректировочный счет-фактура (п. 3 ст. 168, п. 10 ст. 172 НК РФ).
Такие разъяснения Минфин России отразил в письмах от 01.04.2015 № 03-07-09/17917, от 01.04.2015 № 03-07-09/18070, от 30.03.2015 № 03-07-09/17466.