Заказчику следует восстановить сумму НДС, принятую ранее к вычету при перечислении предоплаты подрядчику, который не выполнил свои обязательства. Восстановить НДС заказчику нужно при списании дебиторской задолженности, образовавшейся в результате оплаты в счет предстоящего выполнения работ этим подрядчиком. 
На такую обязанность налогоплательщика Минфин России указал в письме от 23.01.2015 № 03-07-11/69652.

Свой вывод чиновники сделали из следующего. 
У налогоплательщика-покупателя, перечислившего предоплату, вычетам подлежат суммы НДС, предъявленные продавцом этих товаров (работ, услуг) (п.12 ст. 171 НК РФ). 
При этом покупателю следует восстановить суммы НДС, принятые к вычету в случае перечисления предоплаты (подп. 3 п. 3 ст. 170 НК РФ). Восстановление сумм НДС покупателю нужно произвести в том налоговом периоде, в котором суммы налога по приобретенным товарам (работам, услугам) подлежат вычету. 
В свою очередь, одним из обязательных условий применения вычетов НДС по приобретаемым товарам (работам, услугам) является принятие их на учет (п.1 ст. 172 НК РФ).